Die Helios Distillery wurde 1961 von Tadashi Matsuda, damals noch unter dem Namen Taiyou Distillery in Naha, Okiwana gegründet. Begonnen hat die Destillerie mit der Produktion von Rohrzucker und Rum. Acht Jahre später änderte die Destillerie ihren Namen in Helios Distillery und erhielt ein Jahr später die Produktionslizenz für Likör.
1972 erfolgte die Verlegung des Firmensitzes von Naha nach Nago-City, der nördlichen Region von Okinawa. Die Region um Nago-City ist für ihre ländliche und natürliche Umgebung bekannt. Der Schutz der Umwelt ist den Herstellern der Helios Distillery besonders wichtig. Deswegen arbeiten sie daran recyclebare Materialien zu verwenden. Außerdem setzten sie seit 2004 auf Windkraft und Solarenergie.
Seit ihrer Gründung wächst das Unternehmen stetig. 1985 wurde eine weitere Niederlassung in Tokio errichtet. Bis heute hat die Destillerie noch vier weitere Produktionslizenzen erhalten und hat damit insgesamt sechs, nämlich für: Awamori, Spirituosen, Whiskey, Liköre, Craft-Bier und Law-Malt Bier. Unter anderem gehören die bekannten Rum Marken Kiyomi und Treeda dazu. Unmittelbar nachdem die Hersteller die Lizenz für die Produktion von Bier im Jahre 1996 bekamen, errichteten sie eine Helios-Bierkneipe in der berühmten Straße „Kokusai Dori“, oder auch „International Street“ genannt, in Naha, Okiwana. Auf dieser Straße eröffneten sie außerdem auch ein Restaurant mit dem Namen „Momogami“ im Jahre 1999. In demselben Jahr starteten sie mit dem Import und Verkauf von österreichischem Wein. Bis heute expandiert das Unternehmen immer weiter. Heute finden in der Destillerie regelmäßig Führungen für Touristen statt, die in diversen Reiseführern stehen.